Bio-Data/RNAseq

conda下での仮想環境

pythonでは、python自体のバージョン(python2かpython3か)やパッケージのバージョンが衝突することがある。そのため、ユーザによって、またプロジェクトごとに、仮想環境を作ることができる機能が ...

Bio-Data/RNAseq

Trimmomaticは

リードデータから、アダプターを除去し、更に品質の悪いものを除去(トリミング)するステップ。どういう品質を除去の対象とするか、判定をどうするかなど、いろいろな議論があるようである。

QC | RNA- ...

Bio-Data/RNAseq

FastQCは

次世代シーケンサーの出力は、1つ1つのリードをfastq形式(読み取り品質情報付きのfasta形式)で書いたファイルである。それを読んで、読み取り結果の品質情報の傾向を抽出するプログラムとして、FastQCが広く使われて ...

Bio-Data/RNAseq

biocondaによるバイオ処理環境の構築どのような環境を構築するかどのような環境を構築するか

環境を構築するのに、いろいろな要素をばらばらにインストールしかつ管理してもよいのだが、それぞれのソフトによってやり方が異なりそれを1つ1つ確 ...

Bio-Data/RNAseq

議論の前提として、今までPythonやバイオ処理の一部をごくわずかに試した程度のMacPC上で、一通りのRNA seqができることを目指す。Pythonをまったく使っていないPCであれば、おそらく下記に説明するアンインストールの手続き ...

Bio-Data/RNAseq

環境準備

環境のクリア


biocondaによるバイオ処理環境の構築


conda下での仮想環境とjupyter notebookによるpythonプログラミング
リードデータの品質確認とトリミングF ...

Python-Tips

基本的な内包

list =

ifのある内包

even_list =

elseのある内包

even_list =

辞書型の内包

zip関数を使ってkeyのリストとvalueのリストをマージして辞 ...

Python-Tips

集約関数sum()を使う

import pandas as pddf = pd.DataFrame(, , , ], \ columns=)print(df)# a b c#0 A 1 3#1 B 2 4#2 C 3 5#3 D ...

日々